Флаг, разработанный на основе герба, символизирует исторические, духовно-культурные, национальные и другие местные традиции и особенности Балтачевского района. Герб муниципального района символизирует историческое, духовно-культурное, национальное и другие местные традиции и особенности Балтачевского района
Семь хлебных колосьев символизируют единение семи родов, положивших начало объединению народов Республики Башкортостан.
Красный цвет — символ мужества, самоотверженности, жизнеутверждающей силы. Этот цвет символизирует также богатое историческое прошлое района, мужество балтачевцев и их любовь к свободе. На территории района происходили судьбоносные сражения войска мужественного сына, национального героя башкирского народа Салавата Юлаева. На балтачевской земле родился Батырша (Г. Галиев) — вдохновитель и организатор восстания башкирского края 1755 года, автор трактата о Башкирии первой половины XVIII века. В годы Великой Отечественной войны балтачевцы проявили героизм на фронтах и в трудовом тыле.
Золотое солнце с серебряной серединой олицетворяет вечность, весеннее обновление природы и торжество жизни.
Белый цвет означает миролюбие, открытость, готовность к взаимному сотрудничеству, чистоту помыслов.
Жёлтый цвет (золото) — символ высшей ценности, величия, богатства, изобилия.
Белый цвет (серебро) — символ веры, духовности, чистоты, искренности, чистосердечности, благородства, так свойственных балтачевцам.